A Igreja Presbiteriana do Brasil é uma federação de igrejas locais, regida por uma Constituição promulgada no dia 20 de julho de 1950, e exerce o seu governo por meio de concílios.

Os concílios da Igreja Presbiteriana do Brasil são assembléias constituídas de Ministros e Presbíteros regentes, que guardam em si governo e disciplina sob forma de autoridade.

A Igreja Presbiteriana do Brasil possui os seguintes Concílios, em ordem ascendente:

O Conselho da Igreja é o Concílio que exerce jurisdição sobre uma Igreja e é composto do pastor, ou pastores, e dos presbíteros.
O pastor é o presidente do Conselho da Igreja local e é sempre o representante legal da Igreja, para efeitos civis e, na sua falta, o seu substituto.
O Conselho da Igreja local reunir-se-á:
a) pelo menos de três em três meses;
b) quando convocado pelo pastor;
c) quando convocado pelo vice-presidente
d) a pedido da maioria dos presbíteros, ou de um presbítero
quando a Igreja não tiver mais de dois;
e) por ordem do Presbitério.

Presbitério

O Presbitério é o concílio constituído de todos os ministros e presbíteros representantes de igrejas de uma região determinada pelo Sínodo.
Cada Igreja será representada no Presbitério por um presbítero, eleito pelo respectivo Conselho.
São funções privativas do Presbitério:
a) admitir, transferir, disciplinar, licenciar e ordenar candidatos ao ministério e designar onde devem trabalhar;
b) conceder licença aos ministros e estabelecer ou dissolver as relações destes com as Igrejas ou congregações;
c) admitir, transferir e disciplinar ministros e propor a sua jubilação;
d) designar ministros para Igrejas vagas e funções especiais;
e) velar para que os ministros se dediquem diligentemente ao cumprimento da sua sagrada missão;
f) organizar, dissolver, unir e dividir Igrejas e congregações e fazer que observem a Constituição da Igreja;
g) receber e julgar relatórios das Igrejas, dos ministros e das comissões a ele subordinadas;
h) julgar da legalidade e conveniência das eleições de pastores, promovendo a respectiva instalação;
i) examinar as atas dos Conselhos, inserindo nas mesmas observações que julgar necessárias;
j) providenciar para que as Igrejas remetam pontualmente o dízimo de sua renda para o Supremo Concílio;
l) estabelecer e manter trabalhos de evangelização, dentro dos seus próprios limites, em regiões não ocupadas por outros Presbitérios ou missões presbiterianas;
m) velar para que as ordens dos concílios superiores sejam cumpridas;
n) visitar as Igrejas com o fim de investigar e corrigir quaisquer males que nelas se tenham suscitado;
o) propor ao Sínodo e ao Supremo Concílio todas as medidas de vantagem para a Igreja em geral;
p) eleger representantes aos concílios superiores.

Sínodo

O Sínodo é a assembléia formada por ministros e presbíteros que representam os Presbitérios de uma região determinada pelo Supremo Concílio.
Compete ao Sínodo:
a) organizar, disciplinar, fundir, dividir e dissolver Presbitérios;
b) resolver dúvidas e questões que subam dos Presbitérios;
c) superintender a obra de evangelização, de educação religiosa, o trabalho feminino e o da mocidade, bem como, as instituições religiosas, educativas e sociais, no âmbito sinodal, de acordo com os padrões estabelecidos pelo Supremo Concílio;
d) designar ministros e comissões para a execução de seus planos;
e) executar e fazer cumprir suas próprias resoluções e as do Supremo Concílio;
f) defender os direitos, bens e privilégios da Igreja;
g) apreciar os relatórios e examinar as atas dos Presbitérios de sua jurisdição, lançando nos livros respectivos as observações necessárias;
h) responder as consultas que lhe forem apresentadas;
i) propor ao Supremo Concílio as medidas que julgue de vantagem geral para a Igreja.

Supremo Concílio

O Supremo Concílio é a assembléia de deputados eleitos pelos Presbitérios e o órgão de unidade de toda a Igreja Presbiteriana do Brasil, jurisdicionando igrejas e concílios.
É dever do Supremo Concílio:
a) formular sistemas ou padrões de doutrina quanto à fé; estabelecer regras de governo, de disciplina e de liturgia, de conformidade com o ensino das Sagradas Escrituras;
b) organizar, disciplinar, fundir e dissolver Sínodos;
c) resolver em última instância, dúvidas e questões que subam legalmente dos concílios inferiores;
d) corresponder-se, em nome da Igreja Presbiteriana do Brasil, com outras entidades eclesiásticas;
e) jubilar ministros;
f) receber os dízimos das Igrejas para manutenção das causas gerais:
g) definir as relações entre a Igreja e o Estado;
h) processar a admissão de outras organizações eclesiásticas que desejarem unir-se ou filiar-se à Igreja Presbiteriana do Brasil;
i) gerir, por intermédio de sua Comissão Executiva, toda a vida da Igreja, como associação civil;
j) criar e superintender seminários, bem como estabelecer padrões de ensino pré-teológico e teológico;
l) superintender, por meio de secretarias especializadas, o trabalho feminino, da mocidade e de educação religiosa e as atividades da infância;
m) colaborar, no que julgar oportuno, com entidades eclesiásticas, dentro ou fora do país, para o desenvolvimento do reino de Deus, desde que não seja ferida a ortodoxia presbiteriana;
n) executar e fazer cumprir a presente Constituição e as deliberações do próprio Concílio;
o) receber, transferir, alienar ou gravar com ônus os bens da Igreja;
p) examinar as atas dos Sínodos, inserindo nelas as observações que julgar necessárias;
q) examinar e homologar as atas da Comissão Executiva, inserindo nelas as observações julgadas necessárias;
r) defender os direitos, bens e propriedades da Igreja;

Fonte: Constituição da Igreja Presbiteriana do Brasil